Министерство цифрового развития, инноваций и аэрокосмической промышленности Казахстана (МЦРИАП РК) является Исполнительным агентством по реализации Проекта. МЦРИАП будет отвечать за контроль над общей реализацией Проекта и осуществлять стратегический надзор за реализацией ключевых мероприятий Проекта через Руководящий комитет Проекта.

Руководящий Комитет Проекта (РКП) создан для обеспечения организованной реализации проекта. ГУП работает под общим руководством РКП, состоящим из членов основных организаций, содействующих реализации проекта.

Функции и состав РКП утверждаются соответствующим Приказом Министра МЦРИАП. Функции РКП, помимо прочего, включают:

1) утверждение руководства по реализации Проекта, ежегодных планов мероприятий, бюджета и планов закупок Проекта;

2) проведение анализа и оценки реализации Проекта на основании индикаторов мониторинга, а также регулярное рассмотрение данных по мониторингу и оценке Проекта с целью определения прогресса и внесения корректировочных предложений на рассмотрение МЦРИАП для обеспечения удовлетворительного достижения целей Проекта;

3) рассмотрение хода реализации Проекта, осуществление мониторинга реформ в области инноваций и принятие стратегических решений по реализации Проекта на основании информации, подготовленной Рабочим органом;

4) рассмотрение вопросов по совершенствованию процесса реализации Проекта, в том числе межведомственной координации и согласования вопросов реализации Проекта;

5) обеспечение МЦРИАП стратегическим руководством по реализации Проекта.  Состав РКП должен включать, в числе прочих, представителей Департамента финансов МЦРИАП, Юридического Департамента МЦРИАП, Директора ГУП, под председательством вице-министра МЦРИАП, курирующего реализацию Проекта.

Рабочим органом Проекта является Департамент инновационной экосистемы и научно-технического развития (ДИЭНТР), который является рабочим органом по исполнению и контролю за исполнением решений РКП, а также отвечать за операционное и финансовое управление Проектом для обеспечения распространения соответствующего опыта и результатов, полученных за время реализации Проекта, в НИС РК.